近期，宝藤生物通过感染宏基因组检测（PPmetaTM）从一位77岁女性患者的血浆cfDNA中检测到耶氏肺孢子菌（感染宏基因组检测到27条序列）和人类疱疹病毒5型（感染宏基因组检测到9条序列）。
感染宏基因组检出结果
耶氏肺孢子菌
病原学
年首次从啮齿动物中被发现，被认为是原生动物，后来由分子生物学技术鉴定该微生物属于真菌。由耶氏肺孢子菌引起的肺炎被称为肺孢子菌肺炎，英文缩写PCP。
流行病学
耶氏肺孢子菌呈世界性分布，在外界环境中广泛存在，病人及健康带菌者可作为传染源，是一种机会性病原体，是免疫功能低下的宿主肺炎的重要原因。耶氏肺孢子菌可通过空气飞沫传播，是否通过血液传播尚不明确。并非所有的带菌者都会患上肺炎，事实上，PCP在HIV流行前并非常见病。PCP主要发生在CD4+T淋巴细胞缺乏的临床情况如下：先天性免疫缺陷，血液系统肿瘤，器官移植，自身免疫性或炎症性疾病等。
临床表现
PCP通常表现为急性或亚急性肺炎，最初可能仅表现为呼吸困难感，但随后可出现发热、干咳，伴有明显呼吸急促，最终导致呼吸衰竭死亡。PCP的肺外表现一般较为罕见，但也可以累及几乎任何器官，尤其是淋巴结、脾脏和肝脏。
诊断
涂片
六胺银染色检查包囊的特异度为%，包囊壁染成灰黑色或深褐色，呈特征性弧样结构，包囊内容物不着色。然而，非HIV患者体内含菌量明显少于HIV患者，该方法的检测敏感性并不高。另外，还可使用姬姆萨染色和免疫荧光法（敏感性稍高）等。
PCR
敏感性高，特异性低，区分定植菌与致病菌困难，临床应用并不广泛。
血清学检测
因非HIV患者病情进展迅速，常常不能获得满意的病原学标准，血清学诊断方法正在探索中，最常用的为G试验（1→3-β-D葡聚糖试验）。但通过G试验诊断PCP也存在诸多问题，比如，因受很多因素干扰假阳性率高，另外诊断PCP的G试验的界值尚未确定。
治疗策略
耶氏肺孢子菌肺炎的治疗策略（14~21日方案）
药物
剂量和给药途径
首选药物
甲氧苄啶-磺胺甲恶唑
甲氧苄啶（5mg/kg）联合磺胺甲恶唑（25mg/kg），每6~8h给药1次，口服或静脉给药（2粒加倍剂型，每日3~4次）
替代治疗
甲氧苄啶
加
氨苯砜
阿托伐醌
克林霉素
加
伯氨喹
喷他脒
5mg/kg，6~8h1次，口服
加
mg，每日1次，口服
mg，每日2次，口服
~mg，6h1次或mg，6~8h1次，口服
15~30mg，每日1次，口服
3~4mg/kg，每日1次，静脉给药
辅助治疗
泼尼松或甲泼尼龙
40mg，每日2次，使用5日
40mg，每日1次，使用5日
20mg，每日1次，使用5日
口服或静脉给药
巨细胞病毒
病原学
巨细胞病毒（CMV，即人类疱疹病毒5型）是一种β-疱疹病毒，具有双链DNA、4种mRNA、蛋白衣壳和脂蛋白包膜。原发感染主要发生于婴幼儿时期，其后巨细胞病毒则作为一个终身可以被激活的潜伏性感染源而持续存在。
流行病学
CMV在世界各地均有分布，在世界上许多地区，绝大多数成人呈CMV血清阳性，而在美国和加拿大仅有一半成人呈CMV血清阳性。CMV可存在于乳汁、唾液、粪便和尿液中。一旦感染，个体通常终身携带CMV，感染通常保持沉默，然而当T淋巴细胞介导的免疫功能受损时，CMV再激活综合征的发生频率更高，如器官移植后、淋巴系统肿瘤和某些获得性免疫缺陷（特别是HIV感染）或重症监护治疗病房的危重病期间。
临床表现
先天性CMV感染
胎儿感染从亚临床感染到严重感染和播散性感染。瘀点、肝脾大和黄疸是最常见的临床表现（60%-80%），30%-50%有小头畸形伴或不伴脑钙化、宫内发育迟缓和早产。
围生期CMV感染
新生儿可在分娩时通过感染的产道或出生后接触感染的乳汁或其他母体分泌物而获得CMV。大多分娩时或分娩后感染的婴儿仍无症状。然而，迁延性间质性肺炎与围生期获得性CMV感染有关，特别是早产儿，偶伴有沙眼衣原体、肺孢子菌或解脲支原体感染；也可发现体重增加不良、淋巴结肿大、皮疹、肝炎、贫血和非典型淋巴细胞增多，CMV排泄常持续数月或数年。
巨细胞病毒单核细胞增多症
虽然这种综合征发生在所有年龄段，但它最常见于性活跃的年轻人。潜伏期为20-60日，病情一般持续2-6周。长期高热，有时伴寒战、极度疲劳和不适，是本病的特征。肌痛、头痛和脾大常见，渗出性咽炎和颈部淋巴结肿大少见。
免疫受损宿主的CMV感染
CMV是并发于器官移植最常见的病毒病原体，可诱发多种综合征，包括发热和白细胞减少、肝炎、结肠炎、肺炎、食管炎、胃炎和视网膜炎。CMV是晚期HIV感染患者的一种重要病原体，可引起视网膜炎或播散性疾病。CMV在免疫受损宿主中产生的综合征早期常出现长期疲劳、发热、不适、厌食、盗汗和关节痛或肌痛。
诊断
在适当的临床标本中分离到CMV、检测外周血白细胞中CMV抗原如pp65和PCR法对CMV进行定量核酸检测是首选方法。此外，还有血清学检测CMV抗体。
治疗策略
巨细胞感染治疗药物有更昔洛韦和缬更昔洛韦。
讨论
近期医院感染科二代测序团队在张文宏教授的指导下对肺孢子菌肺炎的检出进行了分析，研究成果已迅速被《JournalofInfection》杂志接收。文章通过对13名患者的15个临床样本进行mNGS，检出所有13名PCP患者，其中11名为混合感染。mNGS较传统涂片和培养多检出8名PCP患者，共多检出29个病原体。除耶氏肺孢子菌外，5名患者检出合并CMV，展现了mNGS在检测耶氏肺孢子菌以及混合感染方面的潜力。
肾移植术后，患者使用大剂量的免疫抑制剂，机体免疫力低下，多发生机会性感染，包括CMV，EB等病毒以及结核杆菌、诺卡氏菌等细菌，肺孢子菌、曲霉菌、隐球菌、念珠菌等真菌感染，寄生虫感染等，其中肺孢子菌和CMV病毒感染常合并感染。
宝藤PPmetaTM-感染宏基因组检测
谱析源TM
检测内容：直接对样本中的DNA进行高通量测序，鉴定样本中可能存在的病原菌，辅助临床决策。覆盖细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、衣原体、立克次氏体、螺旋体等种微生物。
报告周期：收到样本后29-72h
宏析源TM
检测内容：直接对样本中的DNARNA进行高通量测序，鉴定样本中可能存在的病原菌，辅助临床决策。覆盖细菌、真菌、病毒、寄生虫、衣原体、立克次氏体、螺旋体等种微生物。
报告周期：收到样本后29-72h
参考文献及书籍
Yi,Zhang,Jing-Wen,etal.Aclusterofcasesofpneumocystispneumoniaidentifiedbyshotgunmetagenomicsapproach.[J].TheJournalofinfection,.
杨峰,商玉萍,苏丹,etal.肾移植术后肺孢子菌肺炎合并巨细胞病毒感染患者的个体化治疗和药学监护[J].安徽医药,,20(1):-.
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